[Silver IV] DNA - 1969

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성능 요약

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분류

브루트포스 알고리즘, 그리디 알고리즘, 구현, 문자열

문제 설명

DNA란 어떤 유전물질을 구성하는 분자이다. 이 DNA는 서로 다른 4가지의 뉴클레오티드로 이루어져 있다(Adenine, Thymine, Guanine, Cytosine). 우리는 어떤 DNA의 물질을 표현할 때, 이 DNA를 이루는 뉴클레오티드의 첫글자를 따서 표현한다. 만약에 Thymine-Adenine-Adenine-Cytosine-Thymine-Guanine-Cytosine-Cytosine-Guanine-Adenine-Thymine로 이루어진 DNA가 있다고 하면, “TAACTGCCGAT”로 표현할 수 있다. 그리고 Hamming Distance란 길이가 같은 두 DNA가 있을 때, 각 위치의 뉴클오티드 문자가 다른 것의 개수이다. 만약에 “AGCAT"와 ”GGAAT"는 첫 번째 글자와 세 번째 글자가 다르므로 Hamming Distance는 2이다.

우리가 할 일은 다음과 같다. N개의 길이 M인 DNA s₁, s₂, ..., s_n가 주어져 있을 때 Hamming Distance의 합이 가장 작은 DNA s를 구하는 것이다. 즉, s와 s₁의 Hamming Distance + s와 s₂의 Hamming Distance + s와 s₃의 Hamming Distance ... 의 합이 최소가 된다는 의미이다.

입력

첫 줄에 DNA의 수 N과 문자열의 길이 M이 주어진다. 그리고 둘째 줄부터 N+1번째 줄까지 N개의 DNA가 주어진다. N은 1,000보다 작거나 같은 자연수이고, M은 50보다 작거나 같은 자연수이다.

출력

첫째 줄에 Hamming Distance의 합이 가장 작은 DNA 를 출력하고, 둘째 줄에는 그 Hamming Distance의 합을 출력하시오. 그러한 DNA가 여러 개 있을 때에는 사전순으로 가장 앞서는 것을 출력한다.

💡 Solutions

📄 DNA.py

def check(i,j):
    if dnas[i][j] == 'A' : return 0
    if dnas[i][j] == 'C' : return 1
    if dnas[i][j] == 'G' : return 2
    if dnas[i][j] == 'T' : return 3

def rev(x):
    if x == 0 : return 'A'
    if x == 1 : return 'C'
    if x == 2 : return 'G'
    if x == 3 : return 'T'

N, M = map(int,input().split())
dnas = [list(input()) for _ in range(N)]

ans = []
for j in range(M):
    acgt = [0, 0, 0, 0]
    for i in range(N):
        target = check(i,j)
        acgt[target] += 1
    x = acgt.index(max(acgt))
    ans.append(rev(x))
    
print(''.join(ans))
cnt = 0
for i in range(N):
    for j in range(M):
        if ans[j] != dnas[i][j]:
            cnt += 1
            
print(cnt)